توالی یابی RNA برای تشخیص اختلالات ژنتیکی

بر اساس بیانیه مطبوعاتی اخیر از توالی RNA می توان برای بهبود دقت تشخیص اختلالات ژنتیکی انسان استفاده کرد. بررسی اطفال.

تشخیص اختلالات ژنتیکی انسان از طریق استفاده از توالی یابی نسل بعدی (NGS) ساده شده است و دانشمندان از زمان نقشه برداری ژنوم انسان قادر به شناسایی بیماری ها در سطح یک ژن هستند. با این حال، توالی یابی DNA قادر به ثبت تغییرات در مناطق غیر کد کننده ژنوم نیست، که به عنوان اجزای کلیدی برخی اختلالات شناسایی شده اند.

منابع پشت بسیاری از اختلالات ژنتیکی را نمی توان از طریق تکنیک های NGS مانند توالی یابی کل اگزوم (WES) و توالی یابی کل ژنوم (WGS) کشف کرد، که کارایی تکنیک های NGS را در تشخیص اختلالات ژنتیکی محدود می کند. توالی یابی RNA به عنوان یک ابزار بالینی بالقوه برای این منظور شناسایی شده است.

در توالی یابی RNA، محدودیت های روش های دیگر با استفاده از نمونه های فیبروبلاست، خون و بیوپسی عضلانی برطرف می شود. دانشمندان می توانند جزئیات مربوط به ساختار، توالی و کمیت توالی های RNA خاص را کشف کنند. بهبود تشخیصی از توالی های RNA توسط محققین تقریباً 15٪ برآورد شده است.

در 5 مارس 2022، محققان مقاله ای را در بررسی اطفال در بهبود کارایی تشخیصی تکنیک های NGS از طریق توالی یابی RNA این تیم توسط هولگر پروکیش، دکترا، از دانشگاه فنی مونیخ رهبری شد.

پروکیش گفت: «توالی‌یابی RNA موفقیت در اولویت‌بندی و شناسایی نه تنها گونه‌های اینترونیک عمیق مضر، بلکه انواع کدگذاری مؤثر بر بیان ژن را نشان می‌دهد که اغلب توسط WES و WGS نادیده گرفته می‌شوند.»

هنگامی که توالی یابی RNA در 8 مطالعه قبلی استفاده شد، نویسندگان 15 درصد بهبودی در توالی مبتنی بر DNA مشاهده کردند. یکی از دلایل بالقوه برای محتوای غیرطبیعی RNA در سلول های فهرست شده توسط نویسندگان، نقص در ماشین سلولی در طول رونویسی ناشی از “بیان نابجا” بود.

دلیل دیگری برای محتوای غیرطبیعی RNA که توسط محققان مورد بحث قرار گرفت، نمایه‌های غیرطبیعی RNA و خاموش شدن 1 آلل یا کپی ژن ناشی از “بیان تک آللی” بود. دلیل نهایی مورد بحث، پردازش ضعیف رونوشت RNA تازه تشکیل شده بود، که زمانی رایج است که یک ناحیه کد کننده غیر پروتئینی به هم متصل شود.

این الگوهای غیر طبیعی را می توان به راحتی با توالی یابی RNA کشف کرد. با این حال، توالی یابی RNA دارای محدودیت هایی نیز هست، که بیان خاص بافت برای این روش حیاتی است. کاربرد بالینی توالی یابی RNA هنوز محدود است، و ترکیب داده های اضافی NGS مانند پروتئومیکس را مهم می سازد.

پروکیش در پایان گفت: «اگر بتوانیم این فنوتیپ‌های غیرطبیعی را شناسایی کرده و از آنها استفاده کنیم، شناسایی بیماری‌های ژنتیکی نادر و علل آنها ممکن است در عمل بالینی آسان‌تر و کامل‌تر شود.»

ارجاع

بررسی تحقیقات کودکان بر بهبود تشخیص بیماری‌های ژنتیکی با توالی‌یابی RNA روشن می‌شود. بررسی اطفال. 8 فوریه 2023. دسترسی به 8 فوریه 2023. https://www.prnewswire.com/news-releases/pediatric-investigation-review-throws-light-on-improving-diagnosis-of-genetic-diseases-with-rna -sequencing-301740763.html