شناسایی عفونت‌های COVID-19 در لکه‌های خونی خشک شده از طریق پروفایل پروتئومیک در خانه


در سال‌های پس از ظهور COVID-19، دانشمندان چیزهای زیادی در مورد نحوه عملکرد عفونت و برخی از اثرات بلندمدت آن بر سیستم‌های مختلف بدن آموخته‌اند. تحقیقات زیادی تاکنون بر روی اثرات موارد شدید این بیماری متمرکز شده است. آنچه کمتر واضح است، اثرات فیزیولوژیکی طولانی مدت عفونت ها بر افرادی است که علائم خفیف دارند یا بدون علامت بودند. دانشمندان مؤسسه فناوری سلطنتی KTH و سایر مؤسسات در سوئد با تجزیه و تحلیل آنتی‌بادی‌ها در نمونه‌های خون خشک شده از جمعیت عمومی جمع‌آوری‌شده با استفاده از کیت‌های خانگی، سعی کردند تا حدودی این سؤال را روشن کنند.

در مقاله جدیدی که در پزشکی ارتباطاتاین است با عنوان “پروفایل پروتئومی لکه‌های خونی خشک شده نمونه‌برداری شده در خانه، پروتئین‌های عفونت SARS-CoV-2 را نشان می‌دهد.نویسندگان توضیح دادند که چگونه از پروفایل پروتئومی عمیق لکه‌های خون خشک نمونه‌برداری شده خانگی (DBS) برای ارزیابی اثرات SARS-CoV-2 در افراد با علائم خفیف یا بدون علامت در مناطق شهری در سوئد استفاده کردند. محققان نوشتند: «در نمونه‌های بالینی پلاسما و سرم، آنالیز پروتئومی عمیق در حال حاضر بینش‌های ارزشمندی را در مورد آسیب‌شناسی و پاتوژنز COVID-19 ارائه کرده است. “مطالعه DBS ما با در نظر گرفتن فنوتیپ های سرولوژیکی با هدف نشان دادن سودمندی خود نمونه برداری و شناسایی پروتئین های در گردش مرتبط با عفونت های SARS-CoV-2 انجام شد.”

در حالی که این مطالعه بر COVID-19 متمرکز است، دکتر یوخن شونک، استاد پروتئومیکس ترجمه‌ای، رئیس پروژه پروتئوم پلاسمای انسانی HUPO، و نویسنده ارشد مقاله، خاطرنشان کرد که این روش می‌تواند برای شرایط دیگری که به مطالعات جمعیتی زیادی نیاز دارند، اعمال شود. ارزیابی عوامل مختلف ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی که در ایجاد بیماری و پاسخ به درمان نقش دارند.

عکسی از یوخن شونک، دکترا، استاد پروتئومیکس ترجمه ای در موسسه سلطنتی فناوری KTH، رئیس پروژه پروتئوم پلاسمای انسانی HUPO، و نویسنده ارشد این مطالعه
یوخن شونک، دکترا، استاد پروتئومیکس ترجمه ای در موسسه سلطنتی فناوری KTH، رئیس پروژه پروتئوم پلاسمای انسانی HUPO، و نویسنده ارشد این مطالعه (گوستاو سدر)

برای این مطالعه، تیم هزاران کیت را برای مردم در دو شهر بزرگ سوئد ارسال کرد که به آنها اجازه می داد نمونه های خود را در خانه جمع آوری کنند. به طور خاص، آنها در بهار 2020 برای 2000 خانوار تصادفی در استکهلم کیت ارسال کردند. این تیم در تابستان 2021 پس از در دسترس قرار گرفتن واکسن‌ها علیه کووید-19، 2000 کیت دیگر را برای خانواده‌های تصادفی در استکهلم و گوتنبرگ ارسال کرد که به آنها امکان داد اطلاعات بیشتری در مورد آن بیاموزند. پاسخ ایمنی و اثرات واکسن ها

این کیت ها توسط شرکت سوئدی پزشکی Captainer ساخته شده است. سیستم qDBS این شرکت که برای این مطالعه مورد استفاده قرار گرفت، دارای یک سیستم مویرگی است که روی کارتی برای گرفتن خون از نیش انگشت نصب شده است. این شامل یک تراشه هوشمند است که تضمین می‌کند بیماران حجم دقیقی از خون (10 میکرولیتر) را می‌گیرند و همچنین یک نشانگر رنگی که به آنها امکان می‌دهد متوجه شوند که نمونه آنها با موفقیت گرفته شده است. کیت ها همچنین با دستورالعمل هایی برای جمع آوری ایمن و استریل نمونه خون ارائه می شوند. از همین کیت در مطالعه VIVID دانشگاه هارواردکه با هدف تعیین اثرات مکمل ویتامین D بر پیشرفت بیماری COVID-19 و پیشگیری پس از مواجهه انجام شد.

تصویری که دستگاه نمونه گیری را نشان می دهد که برای جمع آوری نمونه خون استفاده شده است
یک سیستم جمع‌آوری نمونه توسعه‌یافته توسط Captainer برای جمع‌آوری نمونه‌های خون از جمعیت هدف استفاده شد. (گوستاو سدر)

هنگامی که بیماران نمونه های خود را به دست آوردند، کارت ها را با نمونه های خون خود برای تجزیه و تحلیل برای محققان ارسال کردند. نگرانی این بود که آیا افراد کافی کیت ها را برای تجزیه و تحلیل به آزمایشگاه برمی گردانند یا خیر. شونک گفت، با این حال، پاسخ مردم بسیار مثبت بود، زیرا بیش از نیمی از خانواده‌ها کارت‌هایی را با نمونه‌های خون پس فرستادند – حدود 1100 کیت – و پرسشنامه‌ها پر شدند. او افزود که افرادی که نمونه های خود را برگرداندند عموماً نماینده جمعیت استکهلم بودند، اگرچه به نظر می رسید که مردان جوان در این گروه کمتر حضور داشته باشند.

بر اساس این مقاله، دانشمندان سه مطالعه را با زیرمجموعه‌ای از نمونه‌هایی که دریافت کردند انجام دادند و بیماران بر اساس وضعیت سروستات و اطلاعات خود گزارش شده به مطالعات اختصاص داده شدند. آنها نوشتند: «ما افراد مثبت سرمی را با افراد منفی (مطالعه 1) و اهداکنندگان طبقه بندی شده در مراحل اولیه یا پس از عفونت (مطالعه 2) از موج اول همه گیری مقایسه کردیم. ما همچنین افراد سرم مثبت و منفی از موج سوم همه‌گیری را که در نمونه‌گیری واکسینه نشده بودند، مطالعه کردیم (مطالعه 3).

شرکت‌کنندگان در دو مطالعه اول از دور اول آزمایش‌هایی بودند که در بهار 2020 ارسال شد، در حالی که شرکت‌کنندگان در مطالعه سوم از دسته دوم آزمایش‌ها بودند. در مجموع، این تیم داده‌های 228 فرد را برای این مطالعات بررسی کردند.

آن‌ها نمونه‌ها را برای بیش از 250 پروتئین خون مرتبط با بیماری‌های قلبی عروقی و متابولیسم با استفاده از سنجش‌های گسترش مجاورتی که توسط Olink Proteomics ایجاد شده بود، آزمایش کردند. بر اساس نتایج، نمونه های خون جمع آوری شده از افراد سرم مثبت و منفی در اوایل بیماری همه گیر، پروتئین های مختلفی را نشان داد که در ایمنی، التهاب، انعقاد و پاسخ استرس نقش دارند. داده‌ها همچنین نشان داد که نمونه‌های خونی که بعداً در زمان همه‌گیری جمع‌آوری شد، سطوح متفاوتی از گیرنده‌های ویروس روی سلول‌های B داشتند.

شونک و تیمش درس های آموخته شده از این مطالعه اولیه شامل برخی از بهترین شیوه هایی را که برای درمان نمونه ها و داده ها در مطالعات آینده انتخاب کردند، به کار خواهند برد. آنها همچنین نسبت به امکان سنجی انجام مطالعاتی مانند این در سایر مناطق بیماری خوشبین هستند. به عنوان مثال، یک رویکرد مشابه می تواند برای جمع آوری داده ها از بیماران مبتلا به آلرژی فصلی، شاید قبل و بعد از دریافت مداخله یا درمان خاص یا ارزیابی تغییرات در پروتئین های التهابی در پاسخ به آلرژن ها استفاده شود.

علاوه بر این، از آنجایی که زیرساخت‌های مورد نیاز برای این نوع آزمایش در مقایسه با آزمایش خون سنتی نسبتاً کم است، روشی مانند این می‌تواند برای مطالعه بیماری‌ها در مناطق با منابع محدود یا در جمعیت‌هایی در مکان‌های جغرافیایی صعب العبور به کار رود.





منبع